La qualification de cours d'eau repose sur 3 critères cumulatifs qui doivent ainsi être retenus pour caractériser un cours d'eau :
1 la présence et la permanence d'un lit, naturel à l'origine;
2 un débit suffisant une majeure partie de l'année;
3 l'alimentation par une source.
L'instruction du 3 juin 2015 rappelle que la méthodologie d'identification des cours d'eau s'appuie sur la jurisprudence du 21 octobre 2011 du Conseil d’État. À savoir : " constitue un cours d'eau, un écoulement d'eaux courantes dans un lit naturel à l'origine, alimenté par une source et présentant un débit suffisant une majeure partie de l'année".
La liste de cours d'eau déjà déterminée par une autre réglementation a été incluse dans cette identification, dès lors qu'ils ont été précédemment classés comme ayant un intérêt pour la continuité écologique, comme réservoir biologique, etc.
Les cours d'eau automatiquement intégrés sont les suivants :
- Les Liste 1 et 2 du L214-17 pour la continuité écologique
- Les réservoirs biologiques du SDAGE
- Les masses d'eau cours d'eau
- Les cours d'eau à préserver prioritairement par le SAGE Ill Nappe Rhin
- Les traits pleins nommés
- Les cours d'eau Natura 2000
Ainsi la cartographie des cours d'eau sera mise à jour en fonction de son évolution en septembre de chaque année. Elle permettra de représenter les nouvelles zones hydrographiques validées avec les cours d'eau et les fossés expertisés. À ceci s'ajoutera l'information qui définira sur quel écoulement il sera obligatoire de mettre en place une bande enherbée (BCAE : Bonnes conditions agricoles et environnementales) de 5 mètres.
