L'arrêté de protection des habitats naturels (APHN) est un outil de protection réglementaire protégeant spécifiquement des habitats naturels en tant que tels, alors que les arrêtés de protection de biotope (APB) ciblent les espèces protégées. Calqué sur le modèle des APB, il permet de fixer des interdictions permanentes ou temporaires afin d'assurer une protection efficace de certains milieux rares ou menacés qui jusqu'à présent ne bénéficiaient pas d'un outil législatif adapté. L'APHN est classé en catégorie IV de l'UICN1 en tant qu'aire de gestion.
La création de cet outil a été proposée dans le cadre de la Loi Grenelle II de 2010 et mise en œuvre dans le cadre du Plan Biodiversité de juillet 2018 au titre de l'action 40 de l'axe 3 « Protéger et restaurer la nature dans toutes ses composantes ». Par la publication du décret n°2018-1180 du 19 décembre 2018, la France répond ainsi à son engagement auprès de la Commission européenne sur la transposition de la « directive habitats ».
Tous les habitats naturels ne peuvent pas être protégés par un APHN. Plusieurs arrêtés ont ainsi été produits (en application de l'article R411-17-7 du code de l'environnement) pour fixer la liste des habitats naturels pouvant faire l'objet d'un APHN sur les différents territoires de métropole et d'outre-mer.
En Métropole, cette liste comprend 156 types d'habitats dont les 130 habitats naturels de l'annexe 1 de la Directive Habitats complétés par 19 habitats terrestres et 7 habitats marins (sables, vases, jardins de coraux), présents en métropole ou en Outre-mer. Ces 26 habitats naturels complémentaires ont été sélectionnés par le Muséum national d'histoire naturelle (MNHN) et validés par le Conseil national de la protection de la nature (CNPN).
L'arrêté du 19 décembre 2018 fixe les modalités de présentation et la procédure d'instruction des demandes de dérogations aux interdictions fixées par arrêté préfectoral de protection des habitats naturels.
